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Die Orgel ist mit ihren 32 auf Hauptwerk, Brustwerk und Pedal verteilten Registern die größte historische Orgel des Alten Landes (Neuenfelde mit 34 Stimmen gehört jetzt zu Hamburg).
Drei Entwicklungsstufen bestimmen dies außerordentlich wertvolle Werk: Neben dem ältesten Registerbestand des ausgehenden 16.und beginnenden 17. Jh. erweiterte Arp Schnitger 1688 das ehemals einmanualige Instrument vor allem um ein Brustwerk. Die endgültige Gestalt gab ihm 1750/53 Johann Matthias Schreiber aus Glückstadt durch die Hinzufügung eines selbständigen Pedalwerkes und einzelner Manualregister. Seitdem hat die Orgel ihren Platz auf der oberen Westempore. Ihr Gehäuse und die originalen Prospektpfeifen stammen ebenfalls von 1750/53. Letzte Restaurierung 1991/92 durch die Firma Rudolf von Beckerath, Hamburg.
| Hauptwerk | Brustwerk | Pedal |
| Prinzipal 8' | Prinzipal 4' | Prinzipal 16' |
| Quintadena 16' | Gedackt 8' | Subbaß 16' |
| Rohrflöte 8' | Blockflöte 4' | Oktave 8' |
| Oktave 4' | Oktave 2' | Oktave 4' |
| Gedacktflöte 4'' | Waldflöte 2' | Nachthorn 2' |
| Nasat 3 | Quinte 11/3' | Rauschpfeife 2 f. |
| Oktave 2' | Sesquialtera 2 f. | Mixtur 4 f. |
| Rauschpfeife 2 f. | Scharf 3 f. | Posaune 16' |
| Mixtur 5-6 f. | Krummhorn 8' | Trompete 8' |
| Zimbel 3 f. | Tremulant | Konett 2' |
| Trompete 16' | Manualkoppel | |
| Trompete 8' | ||
| Vox humana 8' | ||
| Tremulant |