1575 baut Dirck Hoyer aus Hamburg eine kleine Orgel mit bemalten Flügeltüren für die Hollerner Kirche.

1688 entschließt sich die kapitalkräftige Gemeinde, für den Bau einer größeren Orgel. Der Kirchenvorstand beauftragt hiermit den Hamburger Orgelbauer Arp Schnitger.
Da Schnitger gegen seine Gewohnheit kein Pfeifenwerk der Vorgängerorgel übernahm, muss diese in einem desolaten Zustand gewesen sein.
Als Sachverständiger beim Orgelbau wird der bedeutende Komponist und Organist an St. Cosmae Stade Vincent Lübeck (ab 1702 an St. Nicolai in Hamburg) tätig.
Der Stader Ratszimmermeister Andreas Henne bekommt den Auftrag, eine Orgelempore an der Westseite der Kirche zu errichten.

1690 im Sommer wird die Orgel per Schiff aus der Hamburger Werkstatt Schnitgers angeliefert. Am 21. September 1690 wird das Instrument durch Vincent Lübeck examiniert.
Das schöne Orgelwerk hatte 24 Stimmen auf Hauptwerk (8' - Principal im Gesicht), Brustwerk und Pedal in zwei in der Brüstung stehenden Pedaltürmen mit dem 16' - Principal ab G im Prospekt. Hinzu kamen Cimbelstern, Vogelsang, Tremulant und wahrscheinlich ein Manualkoppel.

1858 erfolgt ein Umbau der Orgel durch Philip Furtwängler aus Elze. Furtwängler legt statt des Brustwerkes ein Hinterwerk mit neuer Lade und teilweise neuem Pfeifenwerk hinter dem Hauptwerk an. Alle drei Werke müssen sich Veränderungen in der Disposition (der Zusammensetzung der Stimmen) gefallen lassen.

1959 wird die untere Westempore entfernt, die Orgel abgebaut und die (schon 1900 veränderte) Orgelempore tiefer gelegt.

1966 / baut die Fa. Emanuel Kemper aus Lübeck die Orgel um. Das Oberteil des Hauptwerksgehäuses wird

1967 höher gesetzt, um Platz für ein neues Brustwerk zu erhalten (das Hinterwerk wird entfernt). Die Mechanik und der Spieltisch werden weitgehend erneuert. Lade und Pfeifenwerk des Brustwerkes werden bis auf Sesquialtera und Scharff neu. Alle alten Pfeifen werden überarbeitet und in erheblichem Maße verändert.
Nach dieser Maßnahme befindet sich die Orgel in einem klanglich bedauerlichen Zustand. Auch in technischer Hinsicht ist der Zustand als traurig zu bezeichnen. Will man trotz allem dem in großen Teilen noch höchst bemerkenswerten Schnitgerschen Orgelwerk gerecht werden, muß eine durchgreifende Restaurierung und Rekonstruktion erfolgen.

*S = Schnitger, *K = Kemper

Manualumfang: CDEFGA - c3 , Pedalumfang: CDE - d1 , Windladen im Hauptwerk und Pedal von Schnitger, Brustwerkswindlade von Kemper , "Glockenspiel" (Akkordglocken ohne Stern; Furtwängler) , Vogelsang (K) , Tremulat BW (K) Manualkoppel , 2 Schwimmerbälge , Winddruck: 85mm WS , Tonhöhe: ca. ½ Ton über normal.

Am 21. März 2001 gründen Bürger aus Hollern-Twielenfleth, Kirchenvorsteher und interessierte Orgelliebhaber den "Arp Schnitger Kreis, Freunde der Kirchenmusik in Hollern-Twielenfleth e.V." mit dem Ziel, die wertvolle Schnitgerorgel vor dem Verfall zu retten.