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Die alte Kirche
Die erste Erwähnung von Estebrügge erfolgte um 1196 in der Stiftungsurkunde des Alten Klosters. Dort heißt es: Sie - das sind die Edlen von Heimbruch, die Brüder Heinrich und Gerlach - geben dem Kloster alles Land bis zu den Holländern an der Este. Hier in Estebrügge war eine Furt in der Este. Um 1200 hatte der Ort schon einen Priester. Damals wird wohl auch schon die erste Kirche vorhanden gewesen sein. In den ältesten Urkunden ist vom „Kirchspiel Eschete" (der alte Name des Esteflusses) oder „Kirchspiel Este" die Rede. Nach dem Bau der Estebrücke änderte sich der Name in „Kirchspiel Estebrügge".
Mit Sicherheit lässt sich seit 1221 das Vorhandensein einer Kirche in Estebrügge nachweisen. 1221 genehmigt das Verdener Domkapitel die Unterordnung der Kirche zu Hollenstedt sowie der vier Kirchen im Alten Lande Sestervlete (Borstel), Eschede (Estebrügge), Majork (Jork) und Lu (Mittelnkirchen) unter das St. Andreasstift zu Verden. 1314 wird als erster uns bekannter Pfarrer in Eschete Diedrich Plump genannt. 1398 wurde die Kirche in Estebrügge mit dem Alten Kloster in Buxtehude vereinigt.
Nach einer Sage soll die alte Kirche von zwei Edeldamen erbaut sein, irgendwelche Anhaltspunkte dafür sind aber nicht vorhanden. Die alte Kirche war, wie auch die jetzige, dem Heiligen Martin geweiht. Der Namenstag des Heiligen ist der 11. November. Nach der Legende wurde er in Ungarn geboren, war Soldat und erhielt mit 18 Jahren die Taufe. Er wird dargestellt als Ritter auf einem Schimmel, der einem Bettler seinen halben Mantel reicht. Der heilige Martin war in späteren Jahren Bischof von Tours und hat sich um die Christianisierung des westfränkischen Reiches bemüht. Er war kein Märtyrer und starb zwischen 397 und 401.
In einer Urkunde aus dem Jahre 1578 wird auf eine Verfügung des Erzbischofs Bezug genommen, „daß aufs allererste eine Uhr und Zeigerwerk aufgerichtet und gemachet würde."
Die Urkunde beweist, dass bereits 1582 ein Kirchturm mit Uhr- und Zeigerwerk vorhanden war. Dieser Turm wurde 1640/41 neu aufgebaut. Bei den Kirchenakten befindet sich eine genaue Kostenrechnung über den Bau, den der Zimmermeister Gert von der Born in Königreich ausführte.
Die Bedachung und der Anstrich des neuen Turmes scheinen nicht sehr dauerhaft gewesen zu sein, denn schon 1671 musste der Turm neu gedeckt werden.
1625 gab es drei große Fluten. Bei der schwersten am 26. Februar wurde selbst die Kirche überflutet.
Bei einem großen Sturm wurden 1648 „300 Pfannen von der Kirch geweyet".
Besonders groß war der Schaden, den die Katharinenflut am 25. November 1685 anrichtete.
Wie sehr die Kirche bemüht war, Aufgaben der allgemeinen Wohlfahrt zu erfüllen, für die sich sonst keiner zuständig fühlte, beweisen die sehr ausführlichen Aufzeichnungen im Armen register aus der Zeit von 1676 bis 1689. Es ist eine fast endlose Reihe von Bittstellern, die an die Tür des Pfarrhauses klopfen. Meistens ist die Not, um deren Linderung sie bitten, im Zeitgeschehen begründet.
Die neue Kirche
Wir wissen, dass die jetzige Kirche in den Jahren 1700 bis 1702 erbaut wurde, nachdem die alte - zumindest teilweise -zusammengefallen war. In einer Handschrift aus der Bücherei des Stader Geschichts- und Heimatvereins steht zu lesen: „Die Kirche zur Este ist neulich, 1700, von Grund auf neu gebauet, weil sie alt war und einfiel, wiewohl zu solcher Zeit, da niemand drein war". Offenbar hat man beim Neubau die alten Grundmauern verwendet: Bei der letzten Renovierung von Dezember 1987 bis April 1992 wurde festgestellt, dass das Kirchenschiff auf drei Reihen übereinander geschichteter Felsen als Grundmauer steht. Man hat große Teile alten Mauerwerks gefunden und auf ca. 1450 datiert. So groß wie das jetzige Schiff war also auch das vorherige.
Über die Geschichte des Kirchenneubaus von 1700 gibt es einige Geschichten, die der geschichtlichen Nachprüfung nicht standhalten. Einmal heißt es, die Hamburger hätten sich erboten, der Gemeinde Estebrügge das schöne Geläute abzukaufen und als Preis dafür die große Glocke mit guter Hamburger Münze bis zum Rande zu füllen. Ebenso wurde erzählt, der damalige Kantor Niemann habe das Gestühl der alten Kirche für 10 000 Taler verkauft, und mit diesem Gelde sei die Kirche erbaut worden. Wahr ist, dass Niemann schon 50 Jahre früher hier lebte und wirkte, denn zur Zeit des Kirchenneubaus war Hieronymus Deterding Organist. Er schlug vor, die in der neuen Kirche zu schaffenden Sitze schon vor dem Neubau zu verkaufen und außerdem je Morgen einen Reichstaler zu heben, ferner jeden Knecht und jede Magd einen Taler zahlen zu lassen. Das ergab einen Betrag von 6115 Reichstalern 26 Schilling und 6 Pfennig. Dafür konnte die Kirche gebaut werden. Das Bemerkenswerte ist, dass die Gemeinde Estebrügge sich ihre Kirche ohne jede Hilfe Außenstehender erbaute.
So schreibt der Rector des Gymnasiums zu Stade, Georg de Roth, in seiner „Geographischen Beschreibung der Herzogtümer Bremen und Verden" von 1718 über Estebrügge: „Von der Kirche ist zu merken, daß dieselbige, nachdem das alte Gebäude eingefallen gewesen, Anno 1700 aus des Kirchspiels Mitteln ohne eine Collecte zu sammeln von Grund auf gebauet und von lauter Steinen gantz zierlich ist aufgeführet worden."
Der Grundstein zu der neuen Kirche wurde am 30. Juni 1700 gelegt. Da die Kirche in ihren Ausmaßen der vorigen entsprach, konnten der Altar, die Kanzel, die Taufe, das Gestühl und der große Messing-Kronleuchter auch im neuen Gotteshaus ihren Platz finden. Fertiggestellt war der Neubau bereits 1702.