Die Orgel befindet sich im Westen, auf der Orgelempore. In der Mitte des Hauptwerkes ein polygonaler Turm. Zu dessen Seiten je vier Felder, zweigeschossig in zwei durch Pilaster getrennten Achsen angeordnet, die innere schmale Achse jeweils flach, die äußere vorschwingend. Anschließend die vor die Emporenbrüstung gezogenen, tiefer stehenden, polygonalen Ecktürme. Schleier, Bekrönungen und Ohren in durchbrochenen Rocailleornamenten mit Blumenranken.

Die ursprüngliche Orgel stammte wahrscheinlich aus der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts. Ihr Erbauer ist unbekannt. Sie wurde 1637/38 von Gottfried Fritzsche aus Altona-Ottensen und 1677 von Arp Schnitger (damals noch in Stade wohnhaft) repariert. Diese alte Orgel befand sich - laut Inventarium von 1784 - auf der Nordseite nicht weit vom Altar. 1770 wurde sie nach Westen verlegt und um vier Stimmen, zwei Cimbel Stern und einen Tremulanten vermehrt. Das geschah durch den Hamburger Orgelbauer Johann Paul Geycke. Er erweiterte die Orgel um zwei Basstürme und gab ihr den heutigen Prospekt. Die damalige 20-stimmige Disposition verzeichnete 1833 der Lesumer Organist Renken. 1848/49 entfernte Philipp Furtwängler aus Elze das Brustwerk und legte dafür ein neues Hinterwerk an.

In den Jahren 1989 bis 1993 wurde die Orgel von der Fa. Gebr. Hillebrand aus Hannover restauriert. Das Hinterwerk Furtwänglers wurde hierbei entfernt und die Disposition von 1770 des Johann Paul Geycke rekonstruiert, so dass die Orgel nunmehr wieder 22 Register auf den Werken Hauptwerk, Brustwerk und Pedal besitzt. Aufgrund der wertvollen, älteren Register, welche von Gecke wiederverwendet wurden, ist das einzige Gecke-Register der Pedalprinzipal 8. Im Hauptwerk und Brustwerk wurden das Pfeifenmaterial von 1637/38 des Orgelbauers Gottfried Fritzsche restauriert, welcher ebenfalls schon ältere Pfeifenreihen der "Scherer Schule" verwendete. Nachweisliche Dispositionsänderungen durch Arp Schnitger im Jahre 1677 wurden in allen drei Werken aufgrund des vorhandenen Pfeifenmaterials restauriert bzw. rekonstruiert.